目前，市場上出現的各種生物肥料，有粉劑或顆粒的，也有液體狀態的。將它們施到土壤里，在適宜的條件下進一步生長、繁殖，一方面可以將土壤中某些難于被植物吸收的營養物質轉換成易于吸收的形式，另一方面可以通過自身的一系列生命活動，分泌一些有利于植物生長的代謝產物，刺激植物生長。
菌肥的使用越來越受到經濟作物區的重視，不論是在蔬菜還是果園提質增效離不了菌肥。這是因為生物菌作用很多，有預防土傳病害、改土沃土、促進生長等多種功效。但在使用中，有的朋友反映菌肥提高了產量和品質，也有的說用了菌肥沒看到效果。這與使用菌肥的方法密切相關，只有使用得當，才能讓生物菌發揮出應有的作用。
作用及原理：
1、提高產量。
實踐證明，微生物菌劑特定的肥料效應不僅為農作物提供營養元素，其有效菌還能分泌赤霉素、細胞分裂素、生長素等活性物質，刺激、調節、促進作物的生長發育，有利于農作物增產。
2、改善品質。
微生物菌劑能有效地改善農產品品質。實踐證明，施用微生物肥料收獲的農產品，蛋白質、糖分、維生素、氨基酸等有益成份含量明顯提高，籽粒、果實豐滿光滑，蔬菜果品色澤亮麗，既好吃又好看，價值還高，還可以減少硝酸鹽的積累，提高農產品的安全性。
3、增強作物的抗逆性能。
大多微生物菌劑中的有效菌，具有分泌抗生素類物質和多種活性酶的功能，能抑制或殺死致病菌，降低病害發生及增強作物的抗逆性，如可增強農作物的抗旱、耐寒、抗倒伏、防病及抗鹽堿能力，同時還能有效預防作物生理性病害的發生。
4、提高化肥利用率。
微生物菌劑有效菌大多能分解土壤中有機質，有機質分解過程中生成腐殖酸，腐殖酸與土壤中的氮形成腐殖酸銨，可減少氮肥的流失。解鉀溶磷有效菌能將土壤中固化的化學鉀肥、化學磷肥分解轉化為速效鉀、速效磷，提高其利用率，降低生產投入，減少資源浪費。
5、改善土壤養分。
微生物菌劑有效菌能夠促進土壤中難溶性養分的溶解和釋放，提高土壤養分的供應能力。有效菌所分泌胞外多糖物質，是土壤團粒結構的粘合劑，能夠增強土壤團粒結構，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有機質，活化土壤中的潛在養分，改善土壤中養分的供應狀況。
而要想生物菌肥達到良好的改良土壤及延長土壤使用壽命效果，必須保證菌體為活體狀態，并且不斷進行繁殖。也就是說，只有保證了所使用的生物菌為活體才能達到這一目的。那么，使用生物菌肥后如何保證它們處于活體狀態呢？這需要從以下幾個方面來做。
（1）菌肥肥效持續時間長。由于生物菌具有較強的生命力，一般肥效可達150～180天，一季作物只施用一次，即可滿足作物一生的生長發育的要求。
（2）菌肥是一種活性菌，施用時必須埋于土壤中，不能撒施于地表，一般深施7～10cm。由于生物菌對作物的根系和種子不造成任何傷害，所以菌肥施用時應限度地靠近作物根系，讓其與作物根系限度地接觸，才能充分發揮生物菌肥的肥效。作種肥時，施于種子正下方2~3cm處；作追肥時盡量靠近根系為好；葉面噴施時，應在下午3時后進行，并噴施于葉的背面，防止紫外線殺死菌種。
（3）菌肥與其它肥料配合施用效果好。菌肥是一種高含菌量的生物制劑，施于土壤后需要15~20天才能發揮肥效，多數生物菌需在氮元素的作用下才能復蘇，所以在施菌肥時要適量地配合少量的氮肥。如與有機肥料配合施用（每公頃配施商品有機肥80kg），可加快改善土壤的理化性狀，增加土壤有機質的含量，提高生物菌的活性。
（4）保持土壤適宜的溫濕度條件：菌肥在土壤持水量30%以上、土壤溫度在10～40℃、pH值在5.5～8.5的土壤條件下均可施用。在土壤持水量小于30%時要及時澆水，并及時中耕松土以保持土壤墑情、提高土壤溫度。
（5）配制營養土：一般取田園土（無農藥污染的田園土）60kg，充分發酵腐熟的人、畜、禽糞便30kg，加復合菌肥10kg，充分攪拌均勻即可。該營養土可用于農作物、蔬菜、瓜果、果樹等育苗、養苗等使用。
