微生物肥料是一類通過人工培養對植物有益微生物而制成的微生物制劑，其功能是利用特定的微生物的生命活動，促進土壤中的物質轉化、改善作物營養、刺激或調整植物生長，從而達到增產的目的。
微生物肥料是活體肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活動代謝來完成。只有當這些有益微生物處于旺盛的繁殖和新陳代謝的情況下，物質轉化和有益代謝產物才能不斷形成。因此，微生物肥料中有益微生物的種類、生命活動是否旺盛是其有效性的基礎，而不像其它肥料是以氮、磷、鉀等主要元素的形式和多少為基礎。
正因為微生物肥料是活制劑，所以其肥效與活菌數量、強度及周圍環境條件密切相關，包括溫度、水分、酸堿度、營養條件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影響，因此在應用時要加以注意。
近年來，微生物菌因其具有改善土壤理化性狀、提高農產品產量和品質的功效，日益受到市場的歡迎，但因見效慢、產品質量參差不齊等原因，市場推廣受到影響。
什么是微生物菌劑
微生物菌劑是指目標微生物(有效菌)經過工業化生產擴繁后，利用多孔的物質作為吸附劑(如草炭、蛭石)，吸附菌體的發酵液加工制成的活菌制劑。這種菌劑用于拌種或蘸根，具有直接或間接改良土壤、恢復地力、預防土傳病害、維持根際微生物區系平衡和降解有毒害物質等作用。
農用微生物菌劑恰當使用可以提高農產品產量、改善農產品品質、減少化肥用量、降低成本、改良土壤、保護生態環境。
微生物菌劑的分類
按劑型可分為：液體、粉劑、顆粒型；
按內含的微生物種類或功能特性可分為：根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、解磷類微生物菌劑、硅酸鹽微生物菌劑、光合細菌菌劑、有機物料腐熟劑、促生菌劑、菌根菌劑、生物修復菌劑等；
按照復合方式分為：單一微生物菌劑和復合微生物菌劑。
微生物菌劑的功能
1、減少病蟲害，增強作物的抗病能力。
微生物肥料中的有益微生物在作物根系周圍大量生長繁殖，形成優勢菌群，占據病原微生物的生存空間，阻擋了病原微生物對作物的侵害。其次，微生物所分泌的殺蟲抗菌類物質，具有一定的殺蟲抗菌作用。這些物質在根部能夠增強了作物的抗病能力，使作物避免土傳性病原菌的侵害，降低發病率。
2、促進生長，增加產量。
使用微生物肥料后，微生物產生的如赤霉素、生長素和其他生理活性物質，促進了作物的生長發育，特別是根系發育，發達的根系提高了作物養分吸收能力，使作物的生長發育速度加快。尤其是一些光合細菌制劑，噴灑在作物葉面后，作物枝葉茂盛，葉面積增大，使作物的光合作用顯著增強，作物生長加速，開花早、結果多、產量高。
3、改善產品品質。
由于微生物的活動，均衡了土壤中養分的供應，防止了作物對N素肥料的過量吸收，蛋白質、糖分、維生素含量提高，硝酸鹽含量下降，作物品質明顯改善，口味好、保鮮時間延長。據實驗測定，施用微生物肥可使產品中硝酸鹽含量降低20-30％，維生素C含量提高30-40％，可溶性糖提高1-4度。可以有效地改善蔬菜和果品的外觀，提高氨基酸含量、降低重金屬等有害物質含量。
4、改善土壤結構，提高土壤肥力。
微生物肥料中有益微生物能產生糖類物質，占土壤有機質的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有利于提高土壤肥力。
5、提高化肥利用率。
微生物菌劑有效菌大多能分解土壤中有機質，有機質分解過程中生成腐殖酸，腐殖酸與土壤中的氮形成腐殖酸銨，可減少氮肥的流失。解鉀溶磷有效菌能將土壤中固化的化學鉀肥、化學磷肥分解轉化為速效鉀、速效磷，提高其利用率，降低生產投入，減少資源浪費。
